Профсоюзная организация лицея начала свою деятельность с сентября 1995 года. Становление организации было непростым, были суды, восстановление сотрудников на работе по постановлению суда, всевозможные конфликтные ситуации. Со сменой директора ситуация изменилась, все вопросы стали решаться коллегиально и численность профсоюзной организации увеличилась. Сегодня у профсоюзного комитета на первом плане стоят задачи - выявить, обозначить проблему и найти пути её решения, тем самым защитить интересы работников. Поэтому в профсоюз люди вступают осознанно: не вступишь - останешься в стороне, без поддержки и помощи. А трудности нелегко преодолевать в одиночку.
Стержнем успешной совместной деятельности администрации и профорганизации является коллективный договор. В нём чётко обозначены вопросы трудовых отношений, оплаты и условий труда, охраны здоровья, техники безопасности, социальных льгот и гарантий. Разработаны и действуют положения об оплате труда, о распределении компенсационных и стимулирующих выплат, оказании материальной помощи. Ежегодно проводятся конференции трудового коллектива по обсуждению результатов выполнения коллективного договора, на которых заслушиваются отчеты и профсоюзного комитета и администрации